Σε ένα ξύλο κοπής με ένα κοφτερό μαχαίρι κόβετε το κολοκυθάκι και την πράσινη πιπεριά σε μικρά κυβάκια και ψιλοκόβετε το κρεμμύδι μαζί με το πράσο και το σκόρδο.
Στο ίδιο ξύλο κοπής με ένα κοφτερό μαχαίρι κόβετε τα φιλέτα μπούτι κοτόπουλο σε πολύ μικρά κομμάτια.
Τοποθετείτε ένα βαθύ αντικολλητικό τηγάνι σε δυνατή φωτιά να ζεσταθεί καλά και προσθέτετε το μισό ελαιόλαδο.
Σοτάρετε τα κομμάτια φιλέτο μπούτι κοτόπουλο για 2-3 λεπτά, να πάρουν ένα ελαφρύ χρώμα, πασπαλίζοντας με αλάτι και φρεσκοτριμμένο πιπέρι.
Αποσύρετε το κοτόπουλο από το τηγάνι, ξαναβάζετε το τηγάνι σε δυνατή φωτιά με το υπόλοιπο ελαιόλαδο.
Σοτάρετε τα λαχανικά, το κρεμμύδι μαζί με το πράσο, το σκόρδο, το κολοκυθάκι και την πράσινη πιπεριά για 3-4 λεπτά, πασπαλίζοντας με αλάτι και φρεσκοτριμμένο πιπέρι.
Προσθέτετε το σοταρισμένο φιλέτο μπούτι κοτόπουλο μαζί με την μαύρη ζάχαρη, τον πελτέ και ανακατεύετε καλά.
Προσθέτετε την τριμμένη τομάτα μαζί με τον ζωμό λαχανικών και τον μαϊντανό, το αφήνουμε να πάρει μία βράση, χαμηλώνουμε την φωτιά και το αφήνουμε να μαγειρεύτει μέχρι να δέσει.
Τοποθετείτε μία μεγάλη κατσαρόλα με αλατισμένο νερό σε δυνατή φωτιά και βράζετε τις πέννες μέχρι να είναι al dente.
Όταν οι πέννες είναι έτοιμες τις σουρώνετε, τις τοποθετείτε σε ένα αντικολλητικό ταψί, πασπαλίζετε με την τριμμένη γραβιέρα και λίγο ελαιόλαδο, ανακατεύετε και στρώνετε ομοιόμορφα τις πέννες στο ταψί.
Απλώνετε ομοιόμορφα από πάνω το φιλέτο μπούτι κοτόπουλο με τα λαχανικά και την σάλτσα.
Για την μπεσαμέλ τοποθετείτε μια κατσαρόλα σε μέτρια φωτιά, προσθέτετε το βούτυρο και μόλις λιώσει, το αλεύρι και ανακατεύετε μέχρι να ενσωματωθούν καλά τα 2 υλικά.
Συνεχίζετε προσθέτοντας σιγά-σιγά το γάλα και ανακατεύετε συνεχόμενα με ένα σύρμα.
Όταν το μείγμα ξεκινάει να πήζει αποσύρετε την κατσαρόλα από την φωτιά και προσθέτετε τους κρόκους, το μοσχοκάρυδο, αλάτι και φρεσκοτριμμένο πιπέρι ανακατεύοντας γρήγορα και έντονα.
Απλώνετε και την μπεσαμέλ πάνω από το φιλέτο μπούτι κοτόπουλο και ψήνετε σε προθερμασμένο φούρνο στους 180ο C, πάνω κάτω αντιστάσεις, για 35-40 λεπτά, μέχρι να ψηθεί και να πάρει ωραίο χρώμα η μπεσαμέλ.
Όταν το παστίτσιο είναι έτοιμο, το αποσύρετε από τον φούρνο και το αφήνετε λίγο να κρυώσει πριν το κόψετε.