Τοποθετείτε μια μεγάλη κατσαρόλα σε δυνατή φωτιά και προσθέτετε το ελαιόλαδο.
Θωρακίζετε τα μπούτια κοτόπουλο καλά από όλες τις πλευρές να πάρουν ωραίο χρώμα, πασπαλίζοντας με αλάτι και φρεσκοτριμμένο πιπέρι.
Όταν το κοτόπουλο είναι έτοιμο το αποσύρετε από την κατσαρόλα και το τοποθετείτε σε ένα μπολ.
Προσθέτετε το βούτυρο και σοτάρετε τα κρεμμύδια και το σκόρδο για 3-4 λεπτά, πασπαλίζοντας με αλάτι και φρεσκοτριμμένο πιπέρι.
Προσθέτετε πάλι τα μπούτια κοτόπουλο στην κατσαρόλα, πασπαλίζετε με το αλεύρι και ανακατεύετε καλά μέχρι να μην φαίνετε άλλο αλεύρι.
Σβήνετε με το λευκό κρασί, προσθέτετε το ζωμό κοτόπουλο, το φρέσκο θυμάρι, αλάτι και φρεσκοτριμμένο πιπέρι, χαμηλώνετε την φωτιά, σκεπάζετε την κατσαρόλα και αφήνετε το κοτόπουλο να σιγομαγειρευτεί για 10-15 λεπτά.
Προς το τέλος του μαγειρέματος προσθέτετε 800 γραμμμάρια βραστό νερό στην κατσαρόλα και προσθέτετε τα φλωμάρια.
Ανακατεύετε ανά τακτά χρονικά διαστήματα με μία κουτάλα και συμπληρώνετε υγρά αν χρειάζεται για να βράσουν τα φλωμάρια και το κοτόπουλο
Όταν το κοτόπουλο είναι έτοιμο προσθέτετε τον χυμό λεμονιού, τα ξύσματα από τα εσπεριδοειδή και ανακατεύετε καλά.
Σερβίρετε σε μεγάλα, βαθιά ατομικά πιάτα πασπαλίζοντας με το σκληρό τυρί από πάνω.