Σε ένα ξύλο κοπής με ένα κοφτερό μαχαίρι κόβετε τις τομάτες και τα κρεμμύδια σε τέταρτα, τις πιπεριές σε φιλέτα και ψιλοκόβετε το σκόρδο και τα μυρωδικά, την ρίγανη και το θυμάρι.
Τοποθετείτε ένα κατσαρολάκι με τα 200 ml νερό, σε θερμοκρασία δωματίου, σε μέτρια φωτιά να ζεσταθεί ελαφρώς.
Αποσύρετε το κατσαρολάκι από την φωτιά και προσθέτετε όλα τα υλικά για την μαρινάδα, το βούτυρο, το ξύσμα και τον χυμό από τα λεμόνια, το μέλι, το σκόρδο, το χοντρό αλάτι, το θυμάρι και την ρίγανη.
Ανακατεύετε καλά μέχρι να λιώσουν το βούτυρο, το μέλι και το χοντρό αλάτι, προσθέτετε το κρύο νερό για να κατεβάσετε την θερμοκρασία της μαρινάδας.
Τοποθετείτε την μαρινάδα σε ένα μπολ μαζί με τα φιλέτα μπούτι κοτόπουλο, ανακατεύετε καλά, σκεπάζετε με μία μεμβράνη το μπολ, η οποία να εφάπτεται στο κοτόπουλο και τοποθετείτε στο ψυγείο για τουλάχιστον 6 ώρες.
Περνάτε τα μαριναρισμένα φιλέτα μπούτι κοτόπουλο στα σιδερένια καλαμάκια, εναλλάξ με τα λαχανικά, τις τομάτες, τα κρεμμύδια και τις πιπεριές.
Τοποθετείτε ένα σχαροτήγανο σε δυνατή φωτιά να ζεσταθεί καλά και θωρακίζετε τα κοντοσούβλια κοτόπουλο καλά από όλες τις πλευρές.
Τοποθετείτε τα κοντοσούβλια σε ένα ταψί με σχάρα και ψήνετε σε προθερμασμένο φούρνο στους 200ο C, στον αέρα, για 35-40 λεπτά.